●国立大学
　国立大の入学金・授業料については、2004年度の法人化以降、文部科学省が定める標準額の120％を超えない範囲で各大学が自由に設定できるようになっている。 　2008年度の国立大の標準額は、入学金282,000円、授業料535,800円であった。
　

●公立大学
　公立大の学費は、各都道府県や市など、その大学を設置・運営する地方自治体の議会で決定されるので、全国一律ではない。また学部によって異なるケースもある。公立大を受けるメリットの一つは、「地元出身者優遇制度」があることだ。大学が設置されている地域出身の学生を優遇するもので、県外（市外）出身者より学費が安くなる。
　たとえば首都大学東京の入学金は、「東京都外の者」282,000円に対して、「東京都内の者」は141,000円で半額の差が生じている（2008年度入学者実績）。下の表でもわかるように、初年度納付金のうち、授業料は東京都内・外出身者とも同じだが、入学金で差が出るのだ。

●私立大学
　2007年度の私立大入学者１人あたりの初年度納付金は全国平均で、入学金273,000円、授業料834,751円、施設設備費190,410円の計1,298,726円。（下表）
　（前年度は、入学金277,262円、授業料836,297円、施設設備費194,761円で計1,308,320円）

　学部単位では、医学部が516万円と最も高いが、こうした中、順天堂大学・昭和大学・日本医科大学の医学部では、2008年度から学費を大幅に値下げした。

　 　 　

　初年度納付金の納入方法は大学によって異なり、「一括納入」のほかに「2段階方式（入学手続時と後期に分けて納入）」、「返還方式（指定日までに入学を辞退した場合、納入した学費を返還）」などがある。
　なお、慶應義塾大学では2009年度の学部入学生から、入学金を20万円引き下げる一方、在籍基本料（年間6万円）を新設し、授業料なども改定する。その結果、4年間（医学部および薬学部の薬学科は6年間）の納入総額は、全学部で増える。2008年に共立薬科大学と合併し新設された薬学部の場合の前年度との「初年度納入金」の差異は下記の通り。